El equipo apareció en la Primera División "A" en la temporada 1994-1995 al comprar la franquicia de los Toros del Atlético Cuernavaca. Se convirtió en el primer campeón de la recién creada división y ascendió a la Primera División,tras derrotar al Pachuca en la final por 1-0 con gol del brasileño Amarildo Soares en el Estadio Miguel Hidalgo.

Luego del Ascenso, Celaya de inmediato se puso en los reflectores cuando anunció la contratación de la estrella del Real Madrid, Emilio Butragueño para la temporada 1995-1996, Lo que causó sensación, el llamado "Buitre" que se convirtió en el ídolo de Celaya, donde todavía lo consideran así.

Su aparición en Primera División se produjo el 26 de agosto de 1995 en el Estadio 3 de Marzo empatando 1-1 con Tecos de la UAG. Ya en su primera campaña, con base en un estilo de juego alegre y espectacular, se convirtió en la gran revelación del fútbol mexicano, ocupo el cuarto lugar de la tabla general, asi como el primero de grupo.

Calificó a la liguilla en la que eliminó en Cuartos de final a Monterrey gracias a la regla del gol de visitante (2-2 y 0-0), Luego enfrentó en semifinales a Veracruz, al que derrotó 1-0 en Veracruz y en la vuelta le goleó 5-1 en Celaya, Asi accedió hasta la final contra el campeón vigente Necaxa, empatando el primer duelo 1-1, el 1 de mayo de 1996, Carlos Hernández marcó el único tanto Celayense en una final. El juego de vuelta se realizó el 4 de mayo de 1996 en el Estadio Azteca, ante un fenomeno peculiar, y es que la mayoria de los aficionado presentes en el estadio provenian de la ciudad de Celaya, por lo que la condicion de "visitante" del equipo celayense era solo administrativa. El duelo finalmente culminó 0-0 y Necaxa se coronó por mas goles como visitante, sobresaliendo un remate de cabeza fallado por Emilio Butragueño a unos cuantos minutos del final, lo cual hubiese cambiado la historia.

Después de esa campaña llegó el inicio de los torneos cortos y el Celaya se convirtió en un equipo con malos resultados que lo llevarón a competir por no descender, aunque nunca perdió la categoría. A pesar de contratar a figuras como Hugo Sánchez y principalmente Emilio Butragueño, Celaya nunca volvió a estar tan cerca de protagonizar. Tras el retiro de Butragueño en 1998, Celaya contrató a jugadores de irrelevante paso por el club como Marco Antonio Figueroa, Javier Manjarín, Miguel González "Míchel", Julio César de León, Christián Santamaría, Diego Cagna, y Pedro Resendíz; por citar algunos , aunque se fichó a otros con un gran desempeño como: Diego Latorre, Jorge Jerez, José Soto, Armando González, Luis Fernando Soto, José Santos Damasceno, Fabio Moreno y el goleador franquicia Carlos Pavón.

Celaya tuvo grandes vivencias, pues en su corta historia tuvo el placer de golear a Chivas en Invierno 99' por 5-0 en el Estadio Jalisco y al América en el Invierno 98' por 5-1 en el Estadio Miguel Alemán Valdez. Los Toros se salvarón de descender 3 veces (1998, 1999 y 2002).

Al Iniciar la temporada 2001-2002 el equipo no mejora pese a la inversión realizada por lo que al concluir dicha temporada, el presidente del equipo, Enrique Fernández Prado, ya no lo pudo sostener económicamente y se vio obligado a venderlo, aunque puso la condición de que el comprador debería mantener la escuadra en Celaya por lo menos un año más, la franquicia fue adquirida por Jorge Rodríguez Marié, quien una vez concluido el Apertura 2002 se lleva el club a Cuernavaca argumentando que no tenia el apoyo de la afición de Celaya quién realizó pésimas entradas durante el torneo. y cambió a :Colibríes de Morelos aunque tuvieron que jugar en Xochitepec (población cercana a Cuernavaca) y utilizarón la unidad deportiva Mariano Matamoros, El Capitán Rodriguez Marié también se llevó al club como mero eslogan para su campaña política, misma que no lo ayudó a ganar las elecciones en Cuernavaca. El club descendío en Clausura 2003 y desaparecíó para pagar deudas contraidas con Federación Mexicana de Futbol.

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